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1. Presupuesto: un controlador de carga MPPT puede costar entre 1,5 y 2 veces más que un controlador de carga PWM, aunque puede haber ahorros si permite el uso de un módulo de 60 celdas o 72 celdas en lugar de un módulo de 36 celdas que normalmente cuesta más, ya que se producen en lotes más pequeños.
2. Flexibilidad: los controladores de carga PWM solo se pueden usar con módulos de 36 celdas o 72 celdas en configuraciones específicas de serie y paralelo donde el voltaje de operación del fuente FV coincide con el voltaje de carga del sistema de almacenamiento de energía. Esto limita la fuente FV a un voltaje de funcionamiento relativamente bajo. Mientras que los controladores de carga MPPT se pueden utilizar con cualquier configuración en serie y en paralelo, siempre que el voltaje y la corriente máximos no excedan la clasificación del controlador de carga. Esta flexibilidad es una ventaja muy importante al diseñar sistemas más grandes.

Disponibilidad de los componentes: es posible que algunos tipos de controladores de carga o tipos de módulos no estén disponibles en todas las ubicaciones.

1. Rendimiento: el controlador de carga MPPT funcionará mejor en climas más fríos, ya que pueden aprovechar el voltaje más alto que una módulo FV es capaz de producir.
2. Tamaño del sistema: con un sistema más pequeño, prevalecen las ventajas de un controlador de carga PWM, pero a medida que aumenta el tamaño del sistema, aumentan los beneficios de un controlador de carga MPPT. Con un cierto tamaño de sistema, el cableado adicional requerido con un controlador de carga PWM debido a las conexiones en paralelo y el bajo voltaje se convierte en un problema y un gasto significativo.