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La programación de cualquier componente debe realizarse durante el proceso de puesta en servicio. La programación del controlador de carga y inversor son de particular importancia. Es muy importante seguir el manual de instalación que detalla la configuración y la programación, ya que la configuración varía entre fabricantes y modelos. También será necesario tener a mano el manual del sistema de almacenamiento de energía. Los sistemas complejos pueden tener cientos de parámetros programables diferentes, pero con frecuencia se dejan en la configuración predeterminada y solo se cambian algunas configuraciones principales. La programación juega un papel vital en el funcionamiento de un sistema FV y un sistema programado incorrectamente puede funcionar mal o no funcionar en absoluto, incluso si fuera diseñado e instalado perfectamente.